Die Applikationshäufigkeit beträgt bei Erwachsenen in der Regel 2 x täglich 2 Sprühstöße und kann bei Bedarf auch auf bis zu 3 x täglich 2 Sprühstöße erhöht werden. Eine noch höhere Dosis ist nicht wirksamer und erhöht nur eventuelle systemische Nebenwirkungen. Für die Langzeittherapie sollte die niedrigste therapeutisch noch wirksame Dosis gewählt werden. Einige Patienten können mit nur einer Einzeldosis pro Nasenloch täglich ausreichend therapiert sein.
Flunisolid sollte nur so lange wie nötig angewendet werden, d. h. bis zur Beschwerdefreiheit oder so lange, bis der Patient den auslösenden Allergenen nicht mehr ausgesetzt ist. Sollte nach drei Wochen keine symptomatische Besserung eintreten, wird empfohlen die Therapie mit Flunisolid zu beenden. Bei bestimmungsgemäßer Anwendung ist ein Ausschleichen der Therapie nicht nötig.
Das enthaltene Konservierungsmittel Benzalkoniumchlorid kann, insbesondere bei längerer Anwendung, selbst eine Schwellung der Nasenschleimhaut hervorrufen. Besteht durch eine anhaltend verstopfte Nase ein entsprechender Verdacht, sollte ein Arzneimittel ohne Konservierungsstoffe zur Anwendung in der Nase verwendet werden. Benzalkoniumchlorid kann weiterhin zu Brochospasmen und Hautreizungen führen.
Es wird empfohlen, das Wachstum von Kindern, die lange Zeit mit nasalen Glucocorticoiden therapiert werden, zu kontrollieren. Bei Wachstumsverzögerung sollte die Therapie überdacht werden.