Die Therapie mit Fusidinsäure richtet sich gegen Hautinfektionen mit grampositiven Keimen. Als Erreger kommt eigentlich nur Staphylococcus aureus in Betracht, da für die Wirksamkeit gegen Streptokokken (S. pyogenes) keine ausreichenden Daten vorliegen. Vor einer Therapie mit Fusidinsäure ist daher oft ein Antibiogramm notwendig, sofern das klinische Bild nicht eindeutig ist.

Der natürliche Standort von S. aureus ist die nasale Schleimhaut, während die gesunde Haut nur passager besiedelt ist. Damit besitzt die Besiedelung per se keinen Krankheitswert. S. aureus ist jedoch unter Umgehung der antibakteriellen Hautoberflächenlipide in der Lage, in die Interzellularräume der Epidermis einzudringen. Der Träger hat daher ein erhöhtes Risiko, durch S. aureus  hervorgerufene Hauterkrankungen oder Wundinfektionen zu erleiden.

Bei oberflächlichen S. aureus Infektionen, z. B. superfizielle Follikulitiden (Entzündung eines Haarbalgs), infizierten Schürf- oder OP-Wunden und der kleinflächigen Impetigo kann eine ausschließlich lokale Behandlung empfohlen werden. Eine begleitende Therapie mit Antiseptika zur Verminderung der Keimzahl bietet sich an. Bei tiefer reichenden Infektionen und Mischinfektionen ist eine systemische Therapie angezeigt.

Als außerordentlich anpassungsfähige Bakterienspezies spielen insbesondere im Krankenhausbereich MRSA-resistente Staphylokokken eine Rolle.