Zubereitungen zur Anwendung in der Mundhöhle sollten nach den Mahlzeiten appliziert werden und so lange wie möglich im Mund gehalten werden. Danach werden sie geschluckt.
Suspensionen müssen vor Anwendung geschüttelt werden.
Die Dosis von peroralen Zubereitungen kann bei Bedarf ohne Bedenken auf bis zu 12 x 500.000 IE pro Tag erhöht werden.
Eine Anwendung sollte im Allgemeinen für zwei Wochen erfolgen und nicht länger als vier Wochen dauern. Sind die Beschwerden schnell abgeklungen, so kann auch kürzer als zwei Wochen therapiert werden, doch sollte die Einnahme immer zwei Tage über das Verschwinden der Beschwerden hinaus fortgesetzt werden.
Die Therapie von Hautmykosen sollte noch 8-10 Tage nach Abklingen der Symptome fortgesetzt werden, um eine Reinfektion zu vermeiden.
Bei der Therapie von vaginalen Mykosen sollten drei Tage lang abends zwei Tabletten/Ovula tief in die Scheide appliziert werden oder 6 Tage lang eine Tablette/Ovulum. Bei schweren Mykosen können Dosis und Therapiedauer auch erhöht werden.
Da Nystatin kaum resorbiert wird, kommt es nur zu einer lokalen Wirkung auf der Haut oder auf Schleimhäuten (z. B. Mund-, Rachen-, Lungen-, Darmschleimhaut).